Die Magdeburg-Halberstädter Eisenbahn-Gesellschaft eröffnete feierlich den Kopfbahnhof in Halberstadt am 15. Juli 1843. Der Bahnhof lag unmittelbar an den Befestigungsmauern der Stadt. Hinter dem Porticus befanden sich die Lokbehandlungsanlagen, die Werkstätten und die Rangieranlagen. Durch den Eisenbahnanschluss erfuhr die Stadt einen wirtschaftlichen Aufschwung. Durch die hohen Einnahmen der Gesellschaft war es möglich eine weitere Strecke bis nach Thale zu bauen, die am 2. Juli 1862 eröffnet wurde. Eine weitere Bahnstrecke nach Aschersleben eröffnete am 10. Oktober 1866 den Betrieb. Die Kapazität des Bahnhofs kam damit an seine Grenze. Mit dem Bau der Eisenbahnstrecke nach Vienenburg entstand auch am 1. August 1868 ein neuer Bahnhof, der feierlich eröffnet wurde. Dabei entstanden auch ein Güter- und ein Rangierbahnhof. Der Betrieb auf der Strecke von Halberstadt nach Vienenburg begann am 1. März 1869. Erst am 31. März 1873 wurde die Stammstrecke der Gesellschaft von Magdeburg nach Halberstadt eröffnet. Damit wurde der Bahnhof zum Eisenbahnknoten. Am 7. April 1945 wurde der Bahnhof völlig zerstört. Das Empfangsgebäude wurde notdürftig repariert und 1947 die Bahnhofshalle instand gesetzt. Bis 1952 wurden einige der Betriebsanlagen wieder in Betrieb genommen. Erst 1969 begannen die Sanierungsarbeiten am Stationsgebäude, die jedoch den noch verbliebenen Charakter des Restgebäudes übertünchten. Die gesamte Dachkonstruktion wurde dabei entfernt und die Mauern mit Wellaluminium verblendet. Das verbleibende Empfangsgebäude wirkte nach der Sanierung wie eine Fabrikhalle mit Bürotrakt. Im Jahr 2000 begann die Deutsche Bahn AG den Umbau des gesamten Bahnhofbereichs. Dabei wurden das Empfangsgebäude und der Bahnhofsvorplatz umgebaut. Dabei entfernte man die Gebäudehülle von 1969 und entkernte das Stationsgebäude. Die Überreste der alten Fassade wurden restauriert. Das Empfangsgebäude wird heute zum Teil als Kulturbahnhof genutzt und wurde zusammen mit dem Wasserturm des Bahnbetriebswerks und dem Stellwerk unter Denkmalschutz gestellt.